一般而言，可以根據GC毛細柱固定相、內徑、膜厚、長度等來進行選擇合適的毛細柱。

一、固定相（Stationary Phase Selectivity）

• 相似相溶原理，選用非極性的固定相分析非極性化合物。
• 如果化合物可以用不同極性的固定相分析，先選小極性的固定相。
• 非極性的固定相的使用壽命大于極性固定相。
• 較通用的固定相是DM-1 和DM-5。
• 對于偶極或氫鍵化合物，選用含腈基或聚乙二醇的固定相。
• 輕烴或氣體，選用PLOT 柱。
• 應用范圍較廣的五種固定相：DM-1，DM-5，DM-1701，DM-17 和DM-Wax，能滿足90% 以上的分析應用。

一般的，盡可能避免使用污染特殊檢測器的固定相，例如：腈基對于NPD，含氟固定相對于ECD。但如果廠商特別說明，比如DM-1701（含腈基）和DM-200（含氟），則可以應用于ECD、NPD、MSD 等高靈敏度檢測器。

二、內徑（Internal Diameter / ID）

內徑增大意味著需要更多的固定相，即使膜厚相同，也有較大的樣品容量，同時也意味著降低了分離能力且流失較大。小口徑柱為復雜樣品提供了所需的分離，但通常因為柱容量低需要分流進樣。如果分離度的降低能夠接受的話，大口徑柱可以避免這一點。當樣品容量是主要的考慮因素時，如氣體、強揮發性樣品、吹掃和捕集或頂空進樣, 大內徑柱甚至PLOT 柱可能比較合適。

同時要考慮儀器的限制和要求。 一個裝配了填充柱的進樣口可以用大口徑毛細管柱（0.53 mm 內徑）但不能用小口徑柱。 于毛細管柱的進樣口一般可以用于所有內徑范圍的毛細管柱。直接聯用的GC/MS 和MSD 需要小口徑柱，因為真空泵不能處理大口徑柱的大流量。 確實查明你的整個系統看看適合那些柱內徑的選擇。表1 顯示了各種內徑毛細柱的典型特征。

三、膜厚（Film Thickness / df）
• 標準膜厚：較廣泛的應用
• 薄液膜用于高沸點化合物：石化，甘油三酯，甾體等
• 厚液膜用于揮發性化合物：氣體，低沸點溶劑等

 一般說來, 薄膜比厚膜洗脫組分快、峰分離好、溫度低，這表明它們適用于高沸點化合物、組分密集化合物或熱敏化合物。

標準膜厚為0.25 到0.5 μm，對于流出達300 ºC 的大多數樣品（包括蠟、甘油三脂、甾族化合物）來說分析很好。對于更高的洗脫溫度，可以用0.1um 的液膜。厚膜對于低沸點化合物有利，對于流出溫度在100 ºC - 200 ºC 之間的物質，用1-1.5 μm 的液膜效果較好。超厚膜（3 - 5 μm）用于分析氣體、溶劑和可吹掃出來的物質,以增加樣品組分與固定相的相互作用。

另一個選擇厚膜的原因，是為了用大口徑柱時與小口徑柱保持相同分離度和保留時間，由于這個原因, 大口徑柱都只有厚膜。 厚膜意味著柱里有更多物質，從而流失更多，溫度極限必然隨膜厚度增加而下降。

四、長度（Length）
• 25/30 m ：標準柱長，滿足絕大多數應用
• 10/15 m ：通常十個組分以下簡單樣品的快速分析
• 50 m 以上：復雜化合物分析

一般情況，15 m 柱用于快速篩選，簡單混合物或分子量*的化合物。30 m 柱是普遍的柱長，超長柱（50、60 或105 m）用于非常復雜的樣品。柱長度在柱性能上不是一個重要參數。例如，加倍柱長，恒溫條件下，分析時間則加倍，但峰分辨率僅增大約40%。如果分離效果只是比較好，但不是特別好時，有比增加柱長度更好的辦法來改進分析結果：考慮更薄的膜, 優化載氣流量或用程序升溫，如果你還未用過這些方法，可以試一試。

分析強極性的組分時，如果樣品與柱材質接觸，那么峰會嚴重拖尾。 較厚的膜、 相對短的柱比較有利，由于較少的柱材和較厚的固定液，掩蓋并屏蔽活性表面從而減少相互作用的機會。